Under 1700- och 1800-talet användes den södra lagunen som hamn. Båtarna drogs upp på land. När vågorna var stora och slog mot land flyttade man lotsbåtarna via en räls till norra sidan där de kunde ligga i lä. Rälsen användes fram till år 1954 men är numera bortforslad från Malören.

Södra hamnen

Den nuvarande långa södra kajen uppfördes år 1944 av Sjöfartsverket. I början av 1970-talet renoverades denna på initiativ av Domänverket för att möjliggöra satsningar på turism. Av överblivet virke byggde malörenborna en dansbana som finns i anslutning till kajen.

Norra hamnen

På grund av såväl landhöjningen, samt den låga vattennivån i den södra hamnen, beslutades under 1950-talet att en ny hamn skulle byggas. Öborna, som hade stor kunskap om ön och förhållandena på denna, framförde sina varningar och protester när det beslutades att den nya hamnen skulle placeras på öns norra sida där vågorna är som kraftigast och pressen från isen är som starkast.

Trots protesterna uppfördes en betongkonstruktion som kom att ta långt längre tid än planerat att uppföra – och även bli betydligt dyrare än vad man beräknat. År 1960 stod dock stenpiren klar. Redan ett år senare kunde skador i pirarna noteras samt även att hamnbassängen fylldes med sten och grus.

År 1967 upphörde hamnen att vara användbar och därefter har naturkrafterna fortsatt att utforma hamnen till en udde. Detta har medfört att öns naturliga rundning på norra sidan har försvunnit och att strömmarna har sökt sig andra vägar, vilket i sin tur har medfört erosion på den västra sidan av hamnudden samtidigt som den östra sidan av hamnen fylls ut.