På Malören finns två hamnar, en på öns norra och en på öns södra sida. Vid angöring rekommenderas den södra hamnen med cirka 1,2 meters djup. Angör inloppet från sydväst på enslinje först vid den östligaste stugan och sen enslinjen vid fyren. Vid norra hamnen finns det möjlighet att ligga vid vågbrytaren. Dock är norra hamnen en oskyddad hamn.